乙方能否申请技术开发合同？--当然可以，需求是甲方提出的，软件开发属于技术范畴。
关于著作权的归属有影响么？--在于双方约定。一般是双方公有；和归乙方所有。
一般机关企业，委托开发软件要著作权是为了报科技成果，不会对乙方的软件产品再销售加以影响，对乙方没什么损失，所以乙方一般都会答应的。
如果甲方不感兴趣著作权的问题，自然就是乙方的了。
极端情况，也有甲方独占的，如涉密特殊软件就另当别论了。
记住！一切以约定为准！

技术开发合同 增值税

根据财政部、国家税务总局《关于贯彻落实<中共中央国务院关于加强技术创新，发展高科技，实现产业化决定>有关税收问题的通知》（财税字〔1999〕273号文件）规定，单位和个人（包括外商投资企业、外商投资设立的研究开发中心、外国企业和外籍个人）从事技术转让、技术开发业务和与之相关的技术咨询、技术服务业务取得的收入，免征营业税。

什么是合作开发合同？

合作开发合同是指由两个或两个以上的公民、法人和其他组织，共同出资、共同参与、共同研究开发完成同一研究开发项目，共同享受效益、共同承担风险的合同。 从上述对合作开发合同的概念可以概括出合作开发合同应符合的条件： 一、订立合作开发合同的应当是有两个或两个以上的平等主体； 二、订立合作开发合同的各方应共同出资，出资的多少应在合同中约定； 三、订立合作开发合同的各方应共同参与合作开发项目的研究开发活动； 四、合作开发合同的各方应共享收益和共担风险，其比例应在合同中约定。 合作开发，是以合作各方共同参与为前提，《合同法》第三百三十五条指出“合作开发合同的当事人应当按照约定进行投资，包括以技术进行投资；分工参与研究开发工作；协作配合研究工作，”它也是以合作各方自觉完全地履行义务为保证的开发研究过程。对合作开发研究完成的发明创造，《合同法》规定除当事人事先有约定的以外，专利权属于合作开发的当事人共同共有，在一方转让其专利权时，他方有优先受让权。 合作开发完成的技术秘密成果的使用权、转让权、利益的分配方法，可由合作各方苌淘级ǎ